NetworkX 2.4#

发布日期：2019年10月16日

支持 Python 3.5、3.6、3.7 和 3.8。这是最后一个支持 Python 3.5 的版本。

NetworkX 是一个用于创建、操作和研究复杂网络结构、动力学和功能的 Python 软件包。

有关更多信息，请访问我们的网站和我们的示例图库。请将意见和问题发送至networkx-discuss 邮件列表。

亮点#

此版本是 67 位贡献者经过 6 个月工作、超过 200 次提交的成果。亮点包括：

  • 移除 1.x 中已废弃的代码

  • 支持 Python 3.8

  • 切换到 pytest 进行测试

  • 最后一个支持 Python 3.5 的版本

新函数

  • barycenter 函数

  • Bethe Hessian 矩阵函数

  • Eulerian Path 方法

  • 群中心性度量

  • 子图单态同构

  • k-truss 算法

  • 洋葱分解

  • 电阻距离

  • 小行星三元组

  • 非随机性度量

  • 线性 Prufer 编码

  • 二分图最小权重匹配

  • 增量紧密度中心性

  • ISMAGS 子图同构算法

  • 创建图的弦图

新生成器

  • 二项树生成器

  • 有向联合度生成器

  • 随机互联网 AS 图生成器

布局新特性

  • 螺旋节点布局例程

  • 支持 3d 布局

改进#

  • 允许平均最短路径使用 Floyd-Warshall 方法

  • 改进 GML、GEXF、GraphML 的读写

  • 允许字符串或 json 对象作为 jit_graph 的输入

  • 尝试在更多地方允许 numpy.array 输入代替列表

  • 更快地计算强连通分量

  • 更快地优化 Floyd-Warshall

  • 更快地计算全局效率

  • 更快地计算传递闭包

  • 修复 unionfind；betweenness_subset；lexico-topo-sort；A*；inverse_line_graph；async label propagation；edgelist reading；Gomory-Hu flow method；label_propagation；partial_duplication；shell_layout 在 shell 中有 1 个节点时的错误；from_pandas_edgelist

  • 文档改进和修复

API 变更#

工具函数 is_list_of_ints 改名为 is_bunch_of_ints，现在测试 int(item)==item 而不是 isinstance(_, int)。这允许例如值为整数的浮点数。

添加了工具函数 make_list_of_ints，用于将整数值容器转换为整数列表

废弃#

移除的函数（在 NetworkX 2.1 中标记为废弃）

  • attracting_component_subgraphs

  • connected_component_subgraphs

  • weakly_connected_component_subgraphs

  • strongly_connected_component_subgraphs

  • biconnected_component_subgraphs

  • 关于如何获取子图，请参阅组件函数的文档。

移除的图对象方法（在 2.1 中标记为废弃）

  • G.add_path

  • G.add_cycle

  • G.add_star

  • G.nodes_with_selfloops

  • G.number_of_selfloops

  • G.selfloop_edges

  • 这些现在是 NetworkX 函数，例如 nx.add_star(G, 5)

  • G.node –> 使用 G.nodes

  • G.fresh_copy –> 使用 G.__class__

移除 graphview 函数的旧名称。

  • ReverseView

  • SubGraph

  • SubMultiGraph

  • SubMultiDiGraph

  • SubDiGraph

  • GraphView

  • DiGraphView

  • MultiGraphView

  • MultiDiGraphView

  • MultiReverseView

  • 使用 reverse_view、subgraph_view 和 generic_graph_view。

合并的 PR#

总共有 205 次更改已提交。

  • 提升发布版本号

  • algorithms/traversal/edgebfs 名称修复 (#3397)

  • 添加“另请参阅”链接 (#3403)

  • 添加 Harary 图生成器的参考资料 (#3407)

  • typo: 交换源和目标 (#3413)

  • 修复 spring_layout 在固定节点上的 bug (#3415)

  • 将 LFR_benchmark 移到 generators (#3411)

  • 添加 barycenter 算法 (#2939)

  • 添加 Bethe Hessian 矩阵 (#3401)

  • 二项树生成器 (#3409)

  • 修复 edge_color 与 node_color 的不一致性及描述错误。 (#3395)

  • 添加用于群中心性度量的模块 (#3421)

  • 改进 edgelist 的“另请参阅” (#3423)

  • 修复拼写错误 (#3424)

  • 为 adamic_adar_index 添加关于自环的文档警告 (#3427)

  • 修复 UnionFind 集合提取 (#3224)

  • 在 write_graphml 示例中添加 required 参数 (#3429)

  • 修复 centrality betweenness subset (#3425)

  • 添加两种版本的 Simrank 相似性 (#3222)

  • 修复拼写错误

  • 合并拉取请求 #3436 来自 nandahkrishna/fix-typo-betweenness-centrality-subset-test

  • 重新排序并完善文档 (#3438)

  • 为依赖 topological_sort 的函数添加 topo_order 参数 (#3447)

  • 实现子图单态同构 (#3435)

  • 在 random_degree_sequence_graph 文档字符串测试中设置种子 (#3451)

  • 用 np.iterable 替换 cb.iterable (#3458)

  • 不移除其他 pyplot axes 的刻度 (#3476)

  • 修复 “G>raph Modelling Language” 中的拼写错误 (#3468)

  • 朴素的 k-truss 算法实现。 (#3462)

  • 添加洋葱分解 (#3461)

  • 新特性 - 电阻距离 (#3385)

  • betweenness 不支持多重图 (#3454)

  • 轮子只支持 Python 3

  • 修复 Python 3.7 的废弃警告 (#3487)

  • 修复 dfs_preorder_nodes 文档字符串将“nodes”说成“edges”的问题 (#3484)

  • 添加群紧密度和群度中心性 (#3437)

  • 修复不正确的文档 (#3495)

  • 修复 Issue #3493 - lexicographical_topological_sort() 中的 Bug (#3494)

  • AT-自由图识别 (#3377)

  • 更新 introduction.rst (#3504)

  • 全连接操作和 cograph 生成器 (#3503)

  • 优化强连通分量算法。 (#3516)

  • 添加图的非随机性度量 (#3515)

  • 为非随机性度量添加保护措施 (输入图 G) (#3526)

  • 优化强连通分量算法 - 第二次尝试 (#3519)

  • 修复在 Issue #3524 发现的 bug 的小改动 (#3529)

  • 恢复检查 PyPy3 (#3514)

  • 线性 Prufer 编码 (#3535)

  • 修复 inverse_line_graph。 (#3507)

  • 修复 A* 返回错误解的问题 (#3508)

  • 实现二分图的最小权重全匹配 (#3527)

  • 获取 #1054 的弦图 (#3353)

  • 更快地计算 DAG 的传递闭包 (#3445)

  • 在 write_graphml_lxml 中正确写入混合类型属性 (#3536)

  • 修复 inverse_line_graph() 的一些边缘情况。 (#3538)

  • 在 to_numpy_array 中明确说明 i.j 约定

  • 增量紧密度中心性 (无向、无权图) (#3444)

  • 实现 ISMAGS 子图同构算法 (#3312)

  • 修复 networkx.algorithms.community.label_propagation.asyn_lpa_communities 中的 bug (#3545)

  • 导出到 GML 时，将非 32 位数字写为字符串。 (#3540)

  • 尝试修复 bug #3552 (#3554)

  • 添加有向联合度图生成器 (#3551)

  • 拼写错误 (#3557)

  • 修复二分算法参考文档的一些问题 (#3555)

  • 相关函数中邻接矩阵 i/o 的 i,j 约定

  • 合并拉取请求 #3542 来自 malch2/doc/update

  • 向 travis 添加 3.8-dev

  • 修复 Py3.8 的字典迭代

  • 暂时忽略其他失败

  • 修复 get_edge_data 文档字符串中的拼写错误 (#3564)

  • 修复错误的标题 (#3566)

  • 修复文档字符串中的拼写错误 (#3568)

  • 修复和改进 graph.py 中的文档字符串 (#3569)

  • 改进图类选择表 (#3570)

  • 为图绘制添加螺旋布局 (#3534)

  • #3575 返回 3d 布局的坐标 (#3576)

  • 处理 Watts-Strogatz 图生成器中 k==n 的情况 (#3579)

  • Floyd-Warshall 优化 (#3400)

  • 使用 Sphinx 2.2

  • 添加 asteroidal 文档的缺失链接

  • 修复 Sphinx 警告

  • 修复 Sphinx latexpdf 构建

  • 更新贡献者列表 (#3592)

  • 将 Prim 从列表改为集合 (#3512)

  • 修复 issue 3491 (#3588)

  • 在 Python 3.8 失败时使 Travis 失败

  • 修复 test_gexf 以处理 XML 属性的默认序列化顺序

  • 移除 Py2 所需的 future imports

  • 添加 internet_as_graph 生成器 (#3574)

  • 移除 OutEdgeDataView 中的循环引用 (#3598)

  • 为 draw_networkx_edges 添加最小源和目标边距。 (#3390)

  • 修复 to_directed 函数 (#3599)

  • 修复 #3573: GEXF 输出问题 (#3606)

  • 全局效率提速尝试 (#3604)

  • Bug 修复：增加了读取标签和 ID 值的灵活性 (#3603)

  • 为 average_shortest_path_length 添加 floyd-warshall 方法 (#3267)

  • 将 is 替换为 == 并进行 minor pycodestyle 修复 (#3608)

  • 修复许多基于文档的问题 (#3609)

  • 解决许多文档问题 (#3611)

  • 修复 #3187 transitive_closure 现在在存在环时返回自环 (#3613)

  • 添加初始化 pagerank_scipy 的支持 (#3183)

  • 添加 Gomory-hu 算法的最后 7 行 修复 #3293 (#3614)

  • 实现 Euler Path 函数 (#3399)

  • 修复 label_propagation.py 中边的方向 (#3619)

  • 移除未使用的 random 模块导入 (#3620)

  • 修复 partial_duplication_graph 中的操作顺序 (#3626)

  • 在 shell_layout 中将有 1 个节点的 shell 远离原点 (#3629)

  • 允许 jit_graph 读取 json 字符串或 json 对象 (#3628)

  • 修复 incode 文档中的拼写错误 (#3621)

  • pycodestyle 并更新 greedy_coloring.py+tests 的文档 (#3631)

  • 添加版本徽章

  • 从 README 加载长描述

  • 添加缺失的代码块 (#3630)

  • 将 is_list_of_ints 更改为 make_list_of_ints (#3617)

  • 当没有列匹配请求时，处理 from_pandas_edgelist 中的 edgeattr (#3634)

  • 起草 v2.4 发布说明

  • 将 notes 从 dev 移到 v2.4 文件名。

  • 使用最新的 pypy

  • 在 macos 上测试 Py 3.8

  • 在 GEXF 中转换 inf/nan 之前添加属性类型检查 (#3636)

  • 修复 sphinx 错误并为 dijkstra_path/length 文档添加 single_source_dijkstra 的链接 (#3638)

  • Document subgraph_view (#3627)

  • 第一轮 pytest 修复

  • 使用类方法进行类设置/拆卸

  • 让 CI 使用 pytest

  • 使用类方法进行类设置/拆卸，续

  • 减少测试 (直到它能正常工作)

  • 替换测试文件中的 from networkx import * 惯用法

  • 修复 assert funcs 覆盖

  • 修复 link_prediction 中的静态方法

  • 部分修复 v2userfunc 测试

  • 修复 graph/digraph 测试

  • 修复 multigraph 检查

  • 修复 multidigraph 检查

  • 修复 test_function 检查

  • 修复 distance_measures 测试

  • 修复 decorators 测试

  • 修复 test_mst 中的一些 raises

  • 修复 clique 测试

  • 修复 yaml 测试

  • 修复 reportviews 中的测试

  • 修复 vf2 测试

  • 修复 mst 测试

  • 修复 gdal 测试

  • 将 nose.tools.assert_* 函数转换为 asserts

  • 移除未使用的导入

  • 修复一些警告

  • 更新测试说明

  • 重新启用所有测试平台

  • 修复一些 __init__ 警告

  • 替换 test_coloring.py 中的 nose yield tests

  • 添加测试、覆盖率和开发环境信息

  • 尝试 pytestimportorskip

  • pytest.importorskip 的另两对变体

  • 修复拼写错误再试一次

  • 移除已废弃的 weakly_connected_component_subgraphs

  • 替换 algorithms/tests 中的 assert_almost_equal 和 raises

  • 在使用旧 almost_equal 的测试中设置 places=0

  • 更新 nx.test()

  • 让 pytest 运行 doctests / 而不是 sphinx

  • 恢复 “移除已废弃的 weakly_connected_component_subgraphs”

  • 移除使用已废弃函数引起的警告

  • 移除已废弃的函数和方法。添加到发布说明。

  • 修复 subgraph_view 测试

  • 移除对已废弃 view 的测试并修复已废弃的 G.node 的使用

  • 追踪已废弃函数的使用

  • 修复 add_path/star/cycle 的废弃用法

  • 减少对已废弃函数引起的警告

  • 规避 test_harmonic 中 raises 的问题

  • 通过移除已废弃函数减少警告数量

  • convert_matrix 演示如何让 doctests 工作的一种方法

  • 从 examples 中移除已废弃的内容

  • 对 convert_matrix 和其他依赖 np.matrix 的更改

  • 清理 doctest 已废弃代码

  • 更多 doctest 更正

  • 修复 examples

  • 从 generators 中移除 nose

  • 从 utils 中移除 nose

  • 从 classes 中移除 nose

  • 用 pytest.raises 替换 nose.assert_raises

  • 用 pytest.raises 上下文管理器替换 nose.raises

  • 用 assert 替换 eq_, ok_

  • 将 pytest 用于 doctest

  • 在发布说明中突出显示切换到 pytest

  • 移除 from nose.tools import *

  • 移除 nose.tools.SkipTest

  • 最终完成向 pytest 的过渡

  • 合并拉取请求 #3639 来自 stefanv/pytest-port

  • 使用 AppVeyor 测试 Python 3.8

  • 合并拉取请求 #3648 来自 jarrodmillman/windows-py3.8

  • 移除已废弃的 weakly_connected_component_subgraphs

  • 更新发布说明

  • 更新 README

  • 宣布支持 Python 3.8

  • 指定 2.4rc1 发布版本

  • 提升发布版本号

  • 移除剩余的 SkipTests

  • 修复文档说明 (#3644) (#3645)

  • 在 AppVeyor 上测试 Py 3.8.0

  • 加速 AppVeyor

  • 清理 travis 配置

  • 改进 CI 缓存

  • 在 travis 上更新 Py 3.8

  • 合并拉取请求 #3652 来自 jarrodmillman/speedup-appveyor

  • 最终确定发布说明

它包含以下 5 个合并：

  • 修复 betweenness centrality subset 测试中的拼写错误 (#3436)

  • 在 to_numpy_array 中明确说明 i.j 约定 (#3542)

  • pytest 移植 (#3639)

  • 使用 AppVeyor 测试 Python 3.8 (#3648)

  • 清理并加速 CI (#3652)

贡献者#

  • Rajendra Adhikari

  • Antoine Allard

  • Antoine

  • Salim BELHADDAD

  • Luca Baldesi

  • Tamás Bitai

  • Tobias Blass

  • Malayaja Chutani

  • Peter Cock

  • Almog Cohen

  • Diogo Cruz

  • Martin Darmüntzel

  • Elan Ernest

  • Jacob Jona Fahlenkamp

  • Michael Fedell

  • Andy Garfield

  • Ramiro Gómez

  • Haakon

  • Alex Henrie

  • Steffen Hirschmann

  • Martin James McHugh III

  • Jacob

  • Søren Fuglede Jørgensen

  • Omer Katz

  • Julien Klaus

  • Matej Klemen

  • Nanda H Krishna

  • Peter C Kroon

  • Anthony Labarre

  • Anton Lodder

  • MCer4294967296

  • Eric Ma

  • Fil Menczer

  • Erwan Le Merrer

  • Alexander Metz

  • Jarrod Millman

  • Subhendu Ranajn Mishra

  • Jamie Morton

  • James Myatt

  • Kevin Newman

  • Aaron Opfer

  • Aditya Pal

  • Pascal-Ortiz

  • Peter

  • Jose Pinilla

  • Alexios Polyzos

  • Michael Recachinas

  • Efraim Rodrigues

  • Adam Rosenthal

  • Dan Schult

  • William Schwartz

  • Weisheng Si

  • Kanishk Tantia

  • Ivan Tham

  • George Valkanas

  • Stefan van der Walt

  • Hsi-Hsuan Wu

  • Haochen Wu

  • Xiangyu Xu

  • Jean-Gabriel Young

  • bkief

  • daniel-karl

  • michelb7398

  • mikedeltalima

  • nandahkrishna

  • skhiuk

  • tbalint

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